◆…(이미지=클립아트코리아)한방병원 운영자들이 별도 임대사업자를 세워 건물 매입세액을 공제받았다가 국세청 과세전적부심사에서 불채택 결정을 받았다.
병원사업자와 임대사업자가 구성원과 지분율이 동일하고, 건물 사용의 대부분이 병원 용도인 만큼 사실상 하나의 사업자로 봐야 한다는 판단이다.
광주지방국세청은 최근 전북 군산에서 한방병원과 비주거용 건물 임대업을 각각 운영해온 청구인들의 과세전적부심사청구(적부-광주청-2026-0006)를 불채택 결정했다.
청구인 A(71년생)·B(88년생)씨는 2020년부터 군산 소재 5층 건물에서 'E'라는 상호로 한방병원을 운영해왔다. 이들은 지난해 4월 11일 C(88년생)씨를 공동사업자로 추가했다. 지분율은 A씨 50%, B씨·C씨 각 25%다.
청구인들은 임차해 쓰던 이 건물을 지난해 4월 15일 병원사업자와 동일한 지분율로 매매·취득했다. 이틀 뒤인 4월 17일에는 'F'라는 상호로 비주거용 건물 임대업을 별도로 공동 개업했다. 이후 지난해 1기와 2기 부가가치세 과세기간 동안 건물 취득 등과 관련된 매입세액 총 5억 9010만원을 매출세액에서 공제해 신고하고 환급받았다.
광주지방국세청은 지난해 11월 18일부터 12월 4일까지 군산세무서에 대한 업무종합감사를 벌인 결과, 청구인들의 임대사업자와 병원사업자를 별개의 사업자로 볼 수 없다고 판단했다. 비주거용 건물 임대업을 위해 취득했다는 건물을 실제로는 면세사업인 한방병원에 사용했다는 것이다.
이에 처분청인 군산세무서는 면세사업 관련 매입세액을 과다공제받았다는 이유로 임대사업자에 대해 2025년 1기분 5억 2945만5000원, 2기분 1억 701만2000원의 부가가치세를 지난 3월 31일 과세예고 통지했다. 청구인들은 이에 불복해 지난 4월 과세전적부심사를 청구했다.
청구인들은 임대사업자와 병원사업자가 법률적 근거와 사업 성격이 달라 별개의 사업자로 봐야 한다고 주장했다.
특히 병원사업자와 정상적인 임대차계약을 맺고 독립적으로 임대업을 영위하고 있으며, 조세부담을 회피할 목적으로 임대사업자를 개업한 것도 아니라고 강조했다. 기존 건물주가 병원 측에 책정했던 임차료보다 오히려 더 높은 보증금과 월세를 책정해 부가가치세 납부액이 늘었다는 점도 근거로 들었다.
설령 임대사업자를 별개 사업자로 인정받지 못하더라도 면세사업자에 부과된 초과환급신고가산세와 환급불성실가산세는 부당하다고 주장했다.
반면 처분청은 두 사업자의 구성원과 지분율이 동일한 공동사업자로서 과세·면세를 겸영하는 하나의 사업자로 봐야 한다고 맞섰다.
임대사업을 위해 매입한 건물을 실제로는 면세사업인 한방병원에 사용했으므로 관련 매입세액은 불공제돼야 한다는 것이다. 사업자등록증을 각각 발급해준 사실만으로 두 사업이 별개라는 공적 견해를 표명한 것으로 볼 수 없어 신의성실원칙 위반도 아니라고 밝혔다.
광주지방국세청은 심리 결과 처분청의 손을 들어줬다.
임대사업자와 병원사업자의 사업 구성원 및 지분율이 동일한 점, 건축물대장상 병원 용도 면적이 3978㎡인 반면 그 외 근린생활시설 면적은 98㎡에 불과한 점을 근거로 들었다.
실제 임대료 역시 병원사업자가 월 5000만원인데 비해 다른 임차인들은 월 164만원에 그쳐, 건물 면적과 임대료 수입에서 병원사업자가 절대적 비중을 차지한다고 봤다.
사업자등록을 이행하고 매입세액 상당의 부가가치세를 환급해준 사실만으로는 처분청이 두 사업자를 별개로 인정했다는 공적 견해 표명으로 볼 수 없다고도 판단했다.
이에 따라 청구인들이 면세사업인 한방병원을 운영하기 위해 건물을 취득한 것이고, 임대사업자와 병원사업자는 단일한 사업자로 보는 것이 합리적이라며 처분청의 과세예고통지 처분에 잘못이 없다고 결론냈다.
예비적 청구에 대해서도 청구인들이 과세·면세 겸영사업자로서 면세사업 관련 매입세액까지 매출세액에서 공제해 환급받을 세액을 과다신고한 이상, 초과환급가산세와 납부지연가산세를 함께 부과한 것은 잘못이 없다고 판단했다.
광주지방국세청은 국세기본법 제81조의15 제5항 제1호에 따라 이 건 과세전적부심사청구를 불채택 결정했다.